Ostatní obce s městskou dopravou mají spojení s Českými Budějovicemi běžnými městskými linkami. Tento zastaralý systém trochu svazuje ruce samotné MHD v Českých Budějovicích, neboť rozsah provozu těchto linek je závislý na finanční situaci obsluhovaných obcí, takže je zde téměř nemožné určit jednotný interval a začlenit vhodně tyto linky mezi ostatní v Budějovicích. Do budoucna by tak městské dopravě velmi prospělo, kdyby přestala tyto obce obsluhovat a s rozvojem integrované dopravy by se zde zavedly nové nebo posílily stávající regionální linky. Jsou ovšem obce s výjimečným postavením. Takovými je třeba Rudolfov, který kdysi patřil k Budějovicím a dokonce zde ještě zbyly trolejové sloupy po trolejbusové trati. O zpětném zavedení ekologických trolejbusů do této kopcovité obce se již déle uvažuje, problémem je však její oddělení od Budějovic. Nyní zde jezdí linka 1 v kloubových autobusech s celkem solidním intervalem. Další výjimkou je obec Dobrá Voda. Ta se také od Budějovic oddělila, ovšem vedleší obec Kaliště na stranu od města v Budějovicích zůstala, takže při projížďce linkou 19 nejdřív z Budějovic vyjedete, abyste do nich po projetí Dobré Vody opět vstoupili. Jedinou mimoměstskou trolejbusovou tratí je Borek na konečné linky 2. Ostatní obce mohou být s úspěchem a bez větších problémů obslouženy regionálními linkami. V některých obcích například na lince 6 nebo 16 dnes dokonce jezdí více regionálních spojů, než městských. Regionální autobusovou dopravu provozuje hlavně českobudějovický dopravce ČSAD JIHOTRANS, vzniklý privatizací části ČSAD České Budějovice. Tu zbylou část zdědil podnik ČSAD Autobusy České Budějovice, významný spíše pro okolní větší města. Do Budějovic také zajíždí i autobusy soukromých dopravců Ramvej Bus z Českého Krumlova nebo Záruba M&K z Vodňan který má také k dispozici kloubová vozidla. Jihotrans kupuje již několik let zásadně autobusy značky MAN ve standardní i kloubové verzi a podíl těchto tureckých autobusů ve vozovém parku firmy již dosahuje 50%.

Za vyzdvihnutí určitě stojí systém cyklobusů, provozovaný též Jihotransem. Dobře propracovaný a přehledný systém několika barevně odlišených cyklolinek, rozjíždějících se po celém českobudějovickém regionu centrálně z Českých Budějovic, působí velmi dobrým dojmem. Troufám si říct, že se jedná o jeden z nejlépe propracovaných systému cyklobusů v České republice. Všechny regionální linky jsou ukončeny na autobusovém nádraží u vlakového nádraží nedaleko centra Českých Budějovic. Vzhled tohoto dopravního terminálu by se měl v příštích letech zcela proměnit stavbou obchodního centra a autobusové nádraží by mělo být vyzdvihnuto do druhého patra tohoto připravovaného komplexu. Vážně se uvažuje i o zklidnění přednádražního prostoru převedením silné automobilové dopravy tunelem na druhou stranu nádraží. Přednádraží by tak již netvořilo bariéru chodcům, kteří jsou nyní nuceni používat nepříliš vábný podchod. U nádraží zastavuje také většina městských linek, ovšem se žalostnými přestupními vzdálenostmi. Večerní provoz je zde organizován centrálními rozjezdy každou půlhodinu s návaznosti na vlaky. Jediné dvě noční trolejbusové linky 53 a 59 se zde potkávají každých 50 minut. Číslování je podle denních linek 3 a 9, jejichž trasy tyto noční linky zčásti kopírují. Na nočních linkách jezdí kloubové trolejbusy, protože zde z 50 trolejbusů mají pouze pět standardních vozů typu 21Tr.

Tyto nízkopodlažní vozy se netěší příliš velké oblíbenosti ze strany DP kvůli jejich nespolehlivosti, proto zde pro ně byla vyvořena linka 15 s celodenním intervalem 60 minut, doslova vymetající celé město. kvůli intervalu je její obsazenost čistě náhodná a vypravovány jsou 2 z pěti standardních vozidel. Paradoxní je její vedení novou tratí v Pekárenské ulici, kde jezdí jako trolejbus jediná. Tak malé využití si tato trať rozhodně nezasloužila. Vhodnější by asi bylo linku 15 nahradit ostatními kapacitními linkami a nízkopdolažní vozy rozprostřít mezi kloubové vozy na těchto linkách. Ostatní čtyři trolejbusové linky s kloubovými vozy mají různé intervaly, pohybující se v průměru okolo 10 minut ve špičce. Nejoblíbenější je linka 3 z centra do největšího sídliště Máj na západě, která jezdí ve špičkách po pěti minutách. Jelikož jsou intervaly na každé lince různé a někdy i dost nepravidelné, je zde velmi těžká koordinace a tím i nerovnoměrné využití vozidel. I když je tarif přestupný, polohy zastávek se tomu ještě nepořizpůosbily a tak je přestupování v centru velmi neoblíbené. Nejbolestivější je situace na Senovážném náměstí a Mariánském náměstí. Na trati od nádraží do centra jižním obloukem se také trať vyhýbá obsluze pěší zóny. Chybí zde zastávka, a tak jedete z Nádraží na Senovážné náměstí 4 minuty bez zastavení. Podivná je také situace na pojížděném okruhu kolem města. Linky 7 a 19 zde bez povšimnutí míjejí nákupní centrum, sportovní halu i největší park v Budějovicích Stromovka. Snahy o zřízení této zastávky prý byly, jenže v Budějovicích je mimořádně tvrdohlavá a konzervativní policie, která se bála vybudování zastávky na čtyřpruhové komunikaci.

Snahy o preferenci MHD jsou v Budějovicích rozpačité. I když bylo zpracováno již několik studií, které potvrdily možnost oddělených pruhů pro MHD v nejzatíženějších ulicích kolem centra, naráží zde zdravý rozum na politiku, protože si nikdo z radních netroufá zrušit několik parkovacích stání, které stojí BUS pruhům v cestě. Zajímavý je i postoj k preferenci na semaforech. I když je preference pro trolejbusy namontována již na několika křižovatkách, bylo pro Dopravní podnik velmi těžké zjistit, které křižovatky to vlastně jsou. O to více je zarážející, že to vlastně DP ani nezajímalo. Podle dopravce je však spolehlivost těchto křižovatek pouze 40%. V budoucnu se uvažuje o zavedení technologie GPS do všech vozidel MHD, což by vyřešilo problém nejen preference. I když je linkové vedení trolejbusových linek (kromě linky 15) celkem ucházející a v posledních letech se ho podařilo vylepšit, stále jsou tu ještě nepravidelné a nejednotné intervaly. S těmi se hlavně setkáte na autobusových linkách. Bohužel zde ještě panuje starý způsob myšlení, kdy se grafikon tvoří prioritně na základě potřeby řidičů než na základě potřeb cestujících. Pak vznikají nezapamatovatelné intervaly jako 67 minut a podobně.

Vozový park trolejbusů je celkem fádní. Kromě zmíněných standardních 21Tr jsou k dispozici kloubové 14Tr a 14TrM. České Budějovice také vlastní jedny z posledních trolejbusů, vyrobených v ostrovské Škodovce. Postupně probíhá zdařilá rekonstrukce nejstarších trolejbusů s atraktivním modrobílým interiérem. Rekonstruované trolejbusy dostávají digitální panely dokonce i na stranu vozu bez dveří, podobně, jako je tomu v Karlových Varech. Trolejbusová vozona leží na severu poblíž vlakového nádraží, autobusové garáže napoak na jihu od nádraží. Autobusy jsou o něco pestřejší. Polovina z nich je nízkopodlažní, většinou Citybusy od Karosy, ale také několik 12ti a 15timetrových Solarisů. Letošní výběrové řízení na obnovu vozového parku však opět vyhrála Karosa, která dodá nejen autobusy, ale i trolejbusy Škoda 25Tr, tedy kloubové Citybusy s kladkami. Na linkách 1, 8, 19, 104 a občas i 7 jsou ke spatření kloubové Karosy z let 1993 až 1998. Nové nátěry autobusů i trolejbusů jsou bílé nebo reklamní. Starší trolejbusy uvidíte v zelenobílých barvách "Teherán", neboť tyto vozy byly původně určeny pro Íránskou metropoli.

Vzhled zastávek MHD kromě několika zdařilých výjimek v centru není vábný. Klasický červený sloupek se smaltovanými kruhovými cedulkami s čísly linek doplňují otáčivé skříně s jízdními řády. Nutno vyzdvihnout, že jízdní řády mají vkusnou grafickou úpravu a jsou zataveny ve fólii. Často nechybí ani informace o tarifu, z čehož by si jiná města mohla vzít příklad. K dokonalosti však chybí plánek sítě na každé zastávce a žalostné je i nevyužívání informačních vitrín v přístřešcích. Další černou skvrnou na MHD v Českých Budějovicích jsou všudypřítomné reklamy na vozidlech, občas bohužel i reklamy na osobní automobily. V ostatních reklamách by nebyl problém, kdyby tolik nezakrývaly výhled z vozu. Prapodivné jsou také dlouhé a komplikované názvy zastávek. Většina konečných má naprosto zbytečné přízvisko "Točna MHD", takže je jasné, že takto dlouhé názvy konečných pak vypadají na digitálních panelech vozidel jako nepřehledná změť zkratek. Revizoři dopravního podniku mají k dispozici blokovače označovačů, čímž zabraňují černým pasažérům si dodatečně označit jízdenku. Od 20:00 je povolen pouze nástup předními dveřmi. Jenže řidiči jsou velmi benevolentní a předložené jízdenky téměř nekontrolují. Celkově však nutno systém MHD hodnotit poměrně kladně, neboť je zde snaha o zachování kvalitní noční dopravy, DP se nebrání změnám k lepšímu (i když velmi pozvolna), údržba vozového parku je téměř vzorná a hlavně je tu výhled na nové trolejbusové trati. Asi nejaktuálnější je prodloužení linek ze sídliště Vltava kolem Globusu do Českého Vrbného. Na nové komunikaci kolem Globusu se již tyčí trolejové sloupy.